Уровень научно-исследовательской деятельности является одним из важнейших критериев в оценке потенциала высшего учебного заведения. Её организацией в институте занимается научно-исследовательский и редакционно-издательский отдел, а непосредственное проведение научных исследований возлагается на профессорско-преподавательский состав. 
    Ежегодно учеными БЮИ на плановой основе проводится свыше 50 исследований по различным темам, большая часть которых связана с деятельностью органов внутренних дел. Основными научными направлениями являются проблемы оперативно-розыскной, уголовно-процессуальной и административно-правовой деятельности органов внутренних дел; совершенствование профессиональной подготовки сотрудников органов внутренних дел; совершенствование дистанционных форм обучения; деятельность участковых уполномоченных полиции. 
    Самое пристальное внимание уделяется заказной тематике исследований. Удельный вес научно-исследовательских работ, выполняемых по заказам органов внутренних дел, из года в год стабильно держится на уровне 74,5%. Сотрудники института ежегодно выполняют научно-исследовательские работы по Плану научного обеспечения деятельности органов внутренних дел и внутренних войск МВД России. Все выполненные по заявкам работы востребованы практиками и внедрены в деятельность органов внутренних дел. 
    Во многом рост количественных и качественных показателей в научной деятельности связан с формированием ядра профессорско-преподавательского состава, повышением уровня его научной квалификации. В настоящее время научный потенциал кафедр составляет 67%. 
    В институте осуществляется подготовка научно-педагогических кадров. В адъюнктуре проходит обучение 22 сотрудника по 4 научным специальностям. 
    За последние пять лет образовательной организацией проведено 124 научно-представительских мероприятия различного уровня. Наиболее значимыми можно считать ежегодную международную научно-практическую конференцию «Актуальные проблемы борьбы с преступлениями и иными правонарушениями», Всероссийскую научно-практическую конференцию «Общеуголовная преступность: состояние, причины и стратегия борьбы», региональную научно-практическую конференцию «Актуальные проблемы нравственно-правового воспитания и гражданского становления учащейся молодежи: региональные аспекты», круглый стол «Деятельность правоохранительных органов по пресечению преступлений коррупционной направленности и применению дополнительных мер, направленных на реализацию Национального плана противодействия коррупции». 
    Научная жизнь в институте не ограничивается деятельностью профессорско-преподавательского состава. Одним из её направлений является научно-исследовательская работа курсантов и слушателей. 
    С 1999 г. в институте действует научное общество курсантов и слушателей, в работе которого ежегодно участвует более 300 человек. 
    Участие студентов и курсантов во Всероссийском конкурсе на лучшую научную работу студентов Министерства образования и науки Российской Федерации отмечено 1 медалью и 11 дипломами. В разные годы курсанты и студенты БЮИ МВД России принимали участие и становились лауреатами Всероссийского конкурса научно-исследовательских работ «Закон и правопорядок», Конкурса на лучшую научно-исследовательскую работу курсантов, слушателей и студентов образовательных учреждений высшего профессионального образования МВД России, Международного конкурса на лучшую научно-исследовательскую работу курсантов и слушателей «Актуальные вопросы защиты участников уголовного судопроизводства; повышение эффективности деятельности подразделений по обеспечению безопасности лиц, подлежащих государственной защите», Всероссийского конкурса на лучшую работу по вопросам избирательного права и избирательного процесса, Всероссийской олимпиады научных и студенческих работ в сфере профилактики наркомании и наркопреступности, Всероссийского конкурса молодежи образовательных учреждений и научных организаций на лучшую работу «Моя законотворческая инициатива», проводимого Государственной Думой Федерального Собрания РФ, Всероссийского конкурса на лучшую научную работу по правам человека, Всероссийского конкурса им. Ф.Ф. Мартенса по международному гуманитарному праву среди студентов юридических факультетов и вузов РФ, Конкурса письменных работ по праву беженцев, проводимого Управлением Верховного комиссара ООН по делам беженцев в РФ и т.д. 
    Курсанты и слушатели принимают активное участие в городских и межвузовских научных конференциях по самым различным направлениям исследований. Работа многих из них организуется на базе образовательной организации. 
    Институт располагает современной издательско-полиграфической базой, зарегистрирован Российским национальным агентством ISBN (Российской книжной палатой) и имеет блок международных стандартных номеров книг. Научный журнал «Алтайский юридический вестник» распространяется по подписке Роспечать и имеет международный номер ISSN. В образовательной организации на периодической основе, дважды в год, издается Вестник Барнаульского юридического института МВД России. Большая часть сборников научных трудов, выпущенных в БЮИ, посвящается проблемам деятельности ОВД. В их числе можно назвать: "Актуальные проблемы борьбы с преступлениями и иными правонарушениями", "Проблемы теории и практики оперативно-розыскной деятельности ОВД", "Материалы криминалистических чтений". 
    Издаваемая продукция отвечает общеобразовательным стандартам и выпускается в соответствии с издательскими ГОСТами. 
    За последние 5 лет учеными института издано 46 монографий, 1 учебник, около 200 учебных пособий, 50 практикумов, 40 сборников научных работ, 11 изданий получили гриф МВД России. В 2012 г. учебному пособию «Информационные технологии в юридической деятельности», подготовленному начальником кафедры информатики и специальной техники В.А. Литвиновым, присвоен гриф Минобрнауки России. Ученые института активно публикуются зарубежными издательствами, что говорит о высокой востребованности их потенциала мировой научной общественностью.